El 29 de diciembre de 2006, un día después de su presentación en el Villarreal de España, el formado en Colo Colo se imponía sobre los argentinos Rodrigo Palacio y Fernando Gago (ambos de Boca Juniors) en la votación organizada por el diario El País.
Matías se consagró como ganador gracias a su tremendo año, donde explotó su mejor versión en el Cacique, anotando goles y deslumbrando a Chile y Sudamérica. En ese 2006 ganó el Apertura y Clausura con el 14 en la espalda y alcanzó la final de la Copa Sudamericana.
Con este premio Fernández se unió a Elías Figueroa y Marcelo Salas como los únicos chilenos en obtenerlo. La gran diferencia es que el 14 de los blancos lo hizo defendiendo una camiseta nacional (Elías lo hizo con el Internacional de Brasil y Salas con River Plate de Argentina), algo inédito para la historia de nuestro fútbol.
